Organizacja gmin wiejskich wprowadzona została ustawą gminną z 12 sierpnia 1866 r. i utrzymała się w zasadzie do 1933 r., kiedy to ustawą "o częściowej zmianie ustroju samorządu terytorialnego" z dnia 23 marca 1933 r. przyniosła zasadnicze zmiany. Do roku 1933 gminy wiejskie działały jako gminy jednostkowe. Obszar zbiorowej gminy wiejskiej w Zembrzycach, po 1933 r. składał się z jednostkowych gmin wiejskich: Baczyn, Bieńkówka, Budzów, Harbutowice, Jachówka, Palcza, Zachełmna, Zembrzyce. Gmina ta wchodziła wówczas w skład powiatu wadowickiego. W okresie okupacji niemieckiej gmina Zembrzyce przynależała do Generalnej Guberni (od września 1939 do 30 listopada 1939 wchodziła w skład powiatu wadowickiego, a od grudnia 1939 do końca okupacji do powiatu krakowskiego). W 1945 r. gmina Zembrzyce ponownie wchodziła w skład powiatu wadowickiego. W myśl rozporządzenia Ministra Administracji Publicznej z dnia 17 lipca 1945 r zniesiono gminę wiejską w Zembrzycach, a z obszaru tej gminy utworzono nową gminę Budzów z siedzibą Zarządu Gminnego w Budzowie. Jednak w 1949 r., na mocy rozporządzenia Ministra Administracji Publicznej z dnia 31 marca 1949 r. z obszaru gminy wiejskiej Budzów wyłączono gromadę Zembrzyce i utworzono z niej gminę Zembrzyce o charakterze wiejskim. Z dniem 31 grudnia 1954 r. , zgodnie z przepisami ustawy z 25 września 1954 r. "O reformie podziału administracyjnego i powołaniu gromadzkich rad narodowych", przestała istnieć dotychczasowa gmina Zembrzyce. W latach 1954 do 1973 tereny dzisiejszej gminy tworzyły dwie odrębne Gromady. Gromada Zembrzyce z siedzibą w Zembrzycach, która objęła teren Zembrzyc i Marcówki. Druga z kolei Gromada Tarnawa Dolna objęła tężę miejscowość oraz teren zniesionej w 1961 Gromady Śleszowice wraz z Tarnawą Górną.
1 stycznia 1973 roku w wyniku kolejnej reformy administracyjnej reaktywowano gminę Zembrzyce, w skład której weszły obok Zembrzyc również miejscowości Marcówka, Tarnawa Dolna, Śleszowice oraz Tarnawa Górna. W wyniku transformacji ustrojowej jaka miała miejsce w 1989 roku i będąca jej następstwem szeroka reforma samorządowa przeprowadzona w 1990 roku doprowadziła do pierwszych wyborów do samorządu terytorialnego jakie miały miejsce w 27 maja 1990 r. W miejsce dotychczas funkcjonujących rad narodowych wprowadzono rady gmin o znacznie większych uprawnieniach, które to z kolei dokonały wybory pierwszych przedstawicieli władzy wykonawczej w tym wójta gminy.
Wykaz władz samorządowych po 1990 roku:
0d 05.06. 1990 r. do 02.11.1992 r. Czesław Miś
Od 02.11.1992 r. do 30.10.1998 r. Stanisława Łagosz Mirocha
Od 30.10.1998 r. do 06.12.2006 r. Eugeniusz Stypuła
Od 06.12.2006 r. do 10.04.2011 r. Józef Gąsiorek
Od 28.07.2011 r. do 28.11.2014 r. Eugeniusz Stypuła
Od 28.11.2014 r. do nadal Łukasz Palarski
